Protein ve nükleik asit transfer tespiti için kullanılan en yaygın üç transfer membranı türü nitroselüloz membranlar, poliviniliden florür (PVDF) membranlar ve naylon membranlardır. Nitroselüloz membranlar, yüksek protein bağlama afiniteleri ve çeşitli tespit yöntemleriyle uyumlulukları nedeniyle protein lekelemede yaygın olarak kullanılan bir matristir. Nitroselüloz membranların protein bağlama kapasitesi 80-100 µg/cm²'dir ve protein immobilizasyonu esas olarak hidrofobik etkileşimler yoluyla gerçekleşir. Nitroselüloz membranlar kırılgan ve kırılgandır, bu da etiket çıkarma ve yeniden etiketleme için kullanımlarını sınırlandırır.
Poliviniliden florür (PVDF) membranları hem proteinler hem de nükleik asitler için yüksek bağlanma afinitesine sahiptir. PVDF membranları oldukça hidrofobiktir ve transfer tamponuna daldırılmadan önce metanol veya etanol ile önceden-ıslatılmalıdır. PVDF membranların protein bağlama kapasitesi 170-200 µg/cm²'dir. Nitroselülozla karşılaştırıldığında, PVDF membranları daha az kırılgan ve kırılgandır, daha iyi mekanik dayanıma ve kimyasal stabiliteye sahiptir ve etiket çıkarma ve yeniden etiketleme adımları gerektiren Western blot deneyleri için uygundur. Hidrofobikliklerinden dolayı PVDF membranları hidrofobik proteinler için tercih edilen bir seçimdir.
Naylon membranlar proteinleri ve nükleik asitleri iyonik, elektrostatik ve hidrofobik etkileşimler yoluyla bağlar. Naylon membranların protein bağlama kapasitesi 480 µg/cm²'ye ulaşabilmektedir. Naylon membranlar yüksek dayanıklılık sergileyerek, etiket çıkarma ve yeniden etiketleme prosedürlerini gerektiren Western blot deneylerinde avantajlar sunar. Lekeleme uygulamaları için naylon membran kullanmanın önemli bir dezavantajı, anyonlarla spesifik olmayan bağlanma potansiyelidir.